理学院化学系2006年获分析化学专业硕士学位授予权，2007年开始招收硕士研究生。2010年获化学一级学科硕士学位授予权，现有分析化学、有机化学两个二级学科方向，其中分析化学学科为河北农业大学校级重点建设学科。

化学学科拥有一支高学历、高素质的以年轻骨干教师为主要力量的研究队伍，现有硕士研究生导师29人，其中45岁以下骨干力量20人。2人入选河北省“三三三人才工程”培养计划。化学系5位教师入选美国斯坦福大学发布的全球前2%顶尖科学家“学术生涯影响力排行榜”和“年度影响力”榜单。学位点注重青年教师培养，先后有8名教师进行出国学术交流和深造。

近5年承担国家自然科学基金面上项目4项、国家自然科学青年基金项目10项，河北省自然科学基金等省部级科研项目50余项，到位科研经费800余万元。获得各类科技成果奖励8项，其中河北省自然科学二等奖2项，河北省科技进步二等奖1项，河北省自然科学三等奖2项。近5年在国内外知名学术刊物发表SCI论文260余篇，高被引论文15篇。

本学科一直坚持基础研究与应用研究相结合，即兼顾学术研究与应用研究，拥有仪器设施一流，研究特色鲜明的科研团队。学位点设备先进，设施齐全，拥有实验室面积1000余平方米，拥有高效液相色谱仪、高效液相色谱-质谱仪、岛津气相色谱-质谱仪等大型仪器设备，仪器设备总值1500余万元，其中10万元以上设备30余台。

研究生培养质量不断提高，截止2024年6月，毕业硕士研究生93人，其中15人的论文获得“河北省优秀硕士学位论文”。